Placówka powstała w latach 1591-6 dzięki Piotrowi Skardze i jego bractwa dobroczynnego. Głównym zadaniem szpitala było leczenie chorych na choroby weneryczne, według starych metod, polegających najczęściej na zakopywanie syfilityków w końskim łajnie, czego chorzy najczęściej nie przeżywali. 1789-93 działała tu szkoła chirurgiczna, założona dzięki staraniom konsyliarza królewskiego Walentego Gagatkiewicza. W 1832 przeniesiono szpital na Bracką.