Ulica biegnie przy archikatedrze św. Jana.

Kiedy została wytyczona, nosiła nazwę Grodzka lub Zamkowa, dopiero w 1626 ustalono dzisiejszą nazwę, kiedy zbudowano klasztor Jezuitów. Miała 170 m długości i 10 szerokości. Grunty od Wisły należały do książąt mazowieckich, a po drugiej stronie do miasta. W XV w. ulica była już w pełni zabudowana, w XVI w. kamienice zamieszkiwane były przez najbogatszych ludzi i duchowieństwo, a czynsze należały do najwyższych. Ulica zwana była wtedy Jezuicką. W XVIII w. mieszkało tu 1100 osób. Do XIX wieku mieszkali tu najbogatsi i najznamienitsi mieszczanie. Wtedy, kiedy Stare Miasto zaczęło cierpieć z powodu przesunięcia centrum miasta na zachód, mieszkali tu ubodzy rzemieślnicy i urzędnicy. W międzywojniu ulicy przywrócono blask, jednak w trakcie 2 wojny została ona prawie całkowicie zniszczona. W powstaniu u wylotu na pl. Zamkowy zbudowano dużą barykadę. Po zniszczeniach powstania ulicę odbudowano dopiero w 1958 roku. 
 Stan obecny:
 Nr 1: kamienica Bartoszków z XVI w, jako że zamieszkana była przez rodzinę aptekarzy, zwano ją żartobliwie Pigułczyńską. Jako że brak było spadkobierców, w 1637 przeszła w ręce Adama Jarzębskiego, muzyka, budowniczego i autora pierwszego przewodnika po Warszawie (Gościniec albo krótkie opisanie Warszawy, 1643). Do roku 1780 kamienica należała do seminarium bartolomitów, zwanych Bartoszkami. Później mieścił się tu sklep Gugenmusów. Po wojennych zniszczeniach w 1944, odbudowano w 1947 wg proj. Tadeusza Makarskiego z sgraffito Edmunda Burke i obrócono fasadą w kierunku pl. Zamkowego. Legenda głosi, że nocą wychodzi na balkonik piękna mieszczka i słucha flisackich pieśni.
 Nr 2: kamienica Mansjonaria z XV wieku. Dom, zwany Nad Kanałem, w 1433 podarowany został przez Annę Mazowiecką mansjonarzom, związanym z farą. Mansjonarze śpiewali codziennie podczas porannych nabożeństw w św. Janie. W tej kamienicy, w 1525 zmarł ostatni książę mazowiecki, Stanisław. W XVI wieku Antonio Visconti i Bernardo Morando (twórca Zamościa) przebudowali ją w duchu renesansu. Później kamienica należała do Franciszka Springera. W XIX w. mieścił się tu znany skład win Sonnera, a potem cukiernia Plocera. Ostatni właściciel, hr. Kościelski przeprowadził w latach 1918-20 wg proj. J. Nagórskiego restaurację domu i została wynajęta ambasadzie Rumunii. Z wojny wyszła prawie nietknięta, restaurowano ją w 1950-3 wg proj. Władysława Jastrzębskiego z zespołem. Po wojnie umieszczono tu biura Dyrekcji Budowy Osiedli Robotniczych. W 1989 przeprowadzono tu prace badawcze, a w 1990-1 dom przebudowano. Ciekawe jest wewnętrzne podwóreczko.
 Nr 3: kamienica Samsonowska. Powstała dla złotnika Jakuba Samsona w XVI w. na miejscu starszej, XIV-wiecznej. W 1644 przebudowana dla Dawida Rotinhofera. W 1728 odnowiona. Właścicielami byli m.in. Kilian Polepszanowicz, Przeździeccy, Jaster. Po zniszczeniach 1944 odbudowana w 1955-8 wg proj. Haliny Kosmólskiej.
 Nr 4: Kamienica Psałteria. W XIV w na miejscu budynku stały piece do wytopu żelaza. Została ufundowana przez doktora Stanisława Strzelcze w XV w. W 1684 połączono dwa budynki z XV i XVI w. Należała do pasłterzystów (członków chóru kolegiackiego). W 1684 przebudowana. W poł. XIX w. właścicielem był Zygmunt Plocer, który przeniósł tu swoją cukiernię z kamienicy [2]. W 1918 kamienicę kupił Władysław Kościelski i kamienicę przebudował w 1918-20 wg proj. Juliusza Nagórskiego, zmieniając wygląd fasady i łącząc wnętrza z nr [2]. Przed wojną mieściła się tu księgarnia Biblioteki Polskiej. Po wojnie ocalała część fasady i mury parteru, odbudowano ją w 1959 wg proj. Tadeusza Makarskiego.
 Nr 5: Kamienica Schmitta. Powstała w XVI w., a w 1656-61 mieszkał tu Stefan Czarniecki, a w należała 1666 do Jana Baptysty Gortalii. Przebudowana w 1706 i 1728 dla Karola Schmitta, konsyliarza królewskiego z połączenia budynków z XVI i XVII w. Z wojny ocalał parter z sienią i kamienicę odbudowano w 1953-6 wg proj. Haliny Kosmólskiej. Mieści się tutaj teraz biblioteka.
 Nr 6: Nowe Seminarium Duchowne. Jest to fragment większego budynku, częściowo zniszczonego w 1944.Założone przy katedrze w 1682; na jego potrzeby łożył Kazimierz Szczuka, a Sobieski darował uczelni 3000 zł rocznie z dochodów Wieliczki. Budynek zbudowany został w 1741-54 przez Jakuba Fontanę. Przeniesiono tu szkołę z Pałacu Dziekana (Dziekania 1) w XV w. Wokół szkoły istniała łaźnia dla studentów. Studentów zwano „fiołkami, ze względu na fioletowe suknie, jakie nosili. Część należała do szkoły, część zajmował kanonik Serafin, a trzeci kawałek należał do wójta Hanusa Wilka. Na pocz. XVI w. właścicielem został Johannes Pigul. W późniejszym czasie ranga szkoły spadła do poziomu zwykłej szkoły elementarnej. Budynek odbudowano w 1953-9
 Nr 7: kamienica Riaucourta. Powstała w XV w., a w 1681-2 została przebudowana i rozbudowana dla Gerarda Withoffa. W 1575 kamienicę kupił kuśnierz królewski Stanisław Siennicki, dopiero po ponad 100 latach kamienicę odziedziczył Adam Jarzębski. W pierwszej poł. XVII w. należała do Adama Jarzębskiego, a w poł. XVIII do Piotra Riacourta, który prowadził tu swój kantor bankowy. Kamienicę odbudowano w 1953-6 wg proj. Haliny Kosmólskiej, a sgraffito wykonał M. Bojarski. 
 Nr 8: kościół archikatedralny Ścięcia św. Jana Chrzciciela. Najważniejszy kościół w Warszawie. Na samym początku, w XIII\XIV w. istniała tu kaplica drewniana: znaleziono w czasie powojennej odbudowy modrzewiową belkę. Pod koniec XIII w. wzniesiono tu kaplicę murowaną, prawdopodobnie dzisiejsze prezbiterium. W 1339 odbyło się tu rozwiązanie sporu między Krzyżakami, a państwem Polskim, rozsądzonego przez legatów papieskich. Istniała już wtedy szkoła parafialna bakałarza Hanki. Pod koniec XIV w. zaczęto wznosić świątynię gotycką, która w 1406, po przeniesieniu z Czerska, stała się kolegiatą. Świątynię ukończono z XVI w. Dobudowano wtedy trzy nawy, mury otoczono skarpami, a także świątynię przykryto spadzistym dachem. Zrobili sprowadzeni przez księcia Janusza ze Śląska budowniczy. W 1428 księżna Anna Kiejstutówna dobudowała kaplicę NMP, obsługiwana przez księży misjonarzy. Jakiś czas potem Stefan z Mniszewa Wodyński ufundował kaplicę pw. Najświętszego Sakramentu. W tym samym czasie warszawskie cechy fundowały w kościele swoje ołtarze; cech krawiecki opiekował się oboma ołtarzami NMP. Pod koniec XV w. dostawiono dwie kaplice: jedna św. Stanisława wystawiona przez Baltazara Bucholtza i kaplica Trzech Króli, gdzie mieściły się groby Baryczków. Obie kaplice rozebrano w XIX w. Anna Odrowążowa była jedną z ważniejszych ofiarodawczyń tego okresu; dzięki jej datkom położono nową posadzkę i ufundowała wieżę. Ona także ufundowała braciom, ostatnim książętom, płytę nagrobną wykonaną przez bliżej nieznanego Włocha. Zygmunt Stary, mimo, że rzadko bywał w Warszawie, uczynił sporo zapisów na rzecz katedry: utrzymywał organistę (od 1530), zrzekł się patronatu nad wikariuszami (od 1535), a od 1539 stale łożył na kościół. Dzięki staraniom królowej Bony w 1544 dziekan otrzymał prawo do święcenia sprzętów liturgicznych. Wszystkie sejmy RP otwierano nabożeństwem w kościele. W 04.03.1561 odbył się tu pierwszy synod: zdjęto klątwę z biskupa Stanisława Orzechowskiego (reformator, złamał celibat). W 1586 Bona zapłaciła 2200 zł za prace przy dzwonnicy architektom Hieronimowi Odolińskiemu i Bartłomiejowi Szpanerowi. W maju 1588 przez kilka dni wystawione były tu zwłoki Stefana Batorego, przewożone z Grodna na pogrzeb do Krakowa. Pod koniec XVI w. było w kościele ok. 15 epitafiów, z których większość została zniszczona w XIX w. W XVI w. powstała nowa kaplica św. Trójcy, na którą łożyli Stanisław i Jadwiga Razikowie. Kaplicę rozebrano w I poł. XIX w. Również w XVI w. pojawiło się wiele znaczących nagrobków: biskupa kujawskiego Mikołaja, kasztelana sandomierskiego Stanisława, braci Wolskich, kasztelana Bartłomieja Zaliwskiego, Łukasza Nagórskiego z synkiem, sekretarza królewskiego Jana Czapli, posła królewskiego do Turcji Adama Krzynieckiego, prezydenta Warszawy Mikołaja Aleksandra Filomeda.
  W 1598 i 1607 świątynię spustoszył pożar, a w 1602, na skutek huraganu, runęła potężna wieża, która uszkodziła również pomnik wewnątrz. Dzięki pomocy Zygmunta III Wazy kościół odbudowano. W połowie XVII w. dobudowano kruchtę, wielki ołtarz (Jakub Palma Młodszy, 1611-8), nowy szczyt i chór, portyki. Zygmunt III prowadził tu również kapelę królewską, która w 1620 liczyła 60 osób; kosztowała ona 12000 florenów rocznie. W 1617 król ściągnął ze Szwecji nowe organy. Król dał kościołowi również bogate dary: złotą monstrancję, szczerozłoty krzyż, złoty kielich, patena, srebrne posągi św. Jana i św. Benona. Podobno niektóre z tych rzeczy król wykonał własnoręcznie. W tym samym czasie trójkątny szczyt świątyni otrzymał nowy wygląd, który przetrwał do XIX w. Na cokołach balustrady ustawiono pilastry korynckie i półkolumny z popiersiami (prawdopodobnie fundatorów: Zygmunta III i Władysława IV); na szczycie stały posągi zapewne Chrystusa, NMP, św. Marii Magdaleny i św. Jana Chrzciciela. Całość utrzymana była w stylu wczesnego baroku. Wykonawcą robót był niejaki Jan Włoch. Nieco później było wiele planów przebudowy kościoła: Giana Batisty Colombo, Gian Battisty Gisleniego... Ówczesnymi dobrodziejami katedry była również rodzina Baryczków: ufundowali m.in. nowy ołtarz w 1639, gdzie umieszczono cudem ocalały po huraganie, stary krucyfiks. W pierwszej poł. XVII. Dano nowe portale kaplicom św. Trójcy (czarny marmur, 2 pilastry ujmujące arkadę, trójkątny tympanon z kartuszem herbowym, podwieszone girlandy) i św. Stanisława (2 jońskie kolumny, arkadę wieńczył przerywany fryz, główka w zworniku i girlandy).Na pocz. XVII w. jedną z kaplic (św. Krzyża) ufundował również prawdopodobnie Marszałek Wielki Koronny Mikołaj Wolski, gdzie być może umieścił nagrobki swego ojca i stryja. W 1625 pochowano tu kawalera maltańskiego Bartłomieja Nowodworskiego. W 1640 ochrzczono tu ze złotej misy syna Władysława IV i Cecylii Renaty, Zygmunta Kazimierza. W 1672 kaplicę przejęło Bractwo Literackie; zmieniono jej wystrój i nazwano kaplicą Niepokalanego Poczęcia NMP. Z ponad 30 tablic nagrobnych okresu wazowskiego do dziś przetrwały 2: Adama Parżniewskiego i Wojciecha Baryczki. Zniszczone zostały płyty Stanisława Drewny (popiersie w tympanonie), burmistrza Pawła Zembrzuskiego (postać klęcząca, modląca się. Od dołu płytę zamykał herb), Mateusza Bolińskiego (podobna do Zembrzuskiego, tylko lepiej wykonana), kapelmistrza Asprillo Pecelliego (głowa z alabastru, niżej wazony z pochodniami, kartusz herbowy z wstęgami), spowiednika królowej Konstancji Pawła Gissy (rysunki do dwóch ostatnich wykonał prawdopodobnie G.B. Gisleni), referendarza koronnego, Remigiusza Zaleskiego (czarny marmur i alabaster; podwójne pilastry jońskie ujęte w woluty podpierały tympanon z kartuszem herbowym. Owalny portret w ramie z maskami zwojami. Na dole inskrypcja z czaszkami. Pozostałe nagrobki lub tablice to: burmistrza Jana Horlemusa (1641), kanonika i dworzanina Alberta Czaplicy (1642), kanonika Mikołaja Erlera (1645), Weroniki Gianotti (1633), Jakuba Gianotti (1647), proboszcza i nauczyciela dzieci Zygmunta III Aleksandra Jana Alancy ( 1648), sekretarzy królewskich Marcina Swierzyńskiego (1650), Stanisława Baryczki (1651) i Dawida Mintzera (1652) oraz dworzan Jana Gomera (1654) i Mariana Laufscheffera (1667).
  W czasach zygmuntowskich co tydzień wygłaszał swe mowy Piotr Skarga do 1611, później, aż do 1634 kazania wygłaszał rubaszny, dowcipny, ale i odważny Fabian Birkowski. Potem parę lat kazania wygłaszał Maciej Sarbiewski, poeta jezuicki, piszący po łacinie. Po nim nastąpił Mateusz Bembus, świetny mówca, a jego kazania wydane drukiem dają duże pojęcie o ówczesnych obyczajach. 13.11.1631 odbył się tu drugi synod wezwany przez Jana Wężyka, gdzie ustalono zwyczaj obmywania 12 starcom nóg na Wielki Czwartek i przyjęto zasadę odprawiania obrzędów w całej Polsce na wzór Rzymu. Trzeci synod miał tu miejsce 18.11.1643. Ok. 1630 zawieszono w kościele 37 chorągwi zdobytych na Szwedach. 14.11.1632 podpisał tu pacta conventa Władysław IV, jako pierwszy w Warszawie; 03.05.1635 Władysław zrzekł się w katedrze pretensji do tronu rosyjskiego. W 1646 zamiast oficjalnego ślubu Władysława IV z Marią Gonzagą, nastąpiło tylko ich spotkanie w kolegiacie, bo król miał już wcześniej żonę. W 1648 pacta conventa podpisał Jan Kazimierz, w kwietniu 1651 nuncjusz papieski błogosławił króla prze wyruszeniem na wojnę z Chmielnickim (król dostał wtedy szyszak i miecz rzymski). 30.05.1660 nominację na abp otrzymał Pierro Vidoni, a potem także Mikołaj Prażmowski. 18.02.1673 odbyły się uroczystości pogrzebowe Jana Kazimierza. Wracający spod Wiednia podarował kolegiacie buńczuk turecki, gobeliny i dywany, a także ufundował stalle jako wotum za zwycięstwo: po 12 po każdej stronie, na przemian z herbem jego i królowej Marysieńki. Sobieski podarował także srebrny strój na obraz „Przemienienia Pańskiego. Pod koniec XVII w. projekt fasady przygotował Tylman z Gameren, nie zrealizowano go jednak. W 1688 Jan III Sobieski ufundował wieżę, jednak budowa jej kosztowała znacznie więcej i skończono ja dopiero pod koniec wieku. Sięgała 70 m i była nie lada wyczynem architektonicznym. W 1691 odbyła się tu ceremonia zaślubin Jakuba Sobieskiego z Jadwigą Elżbietą, księżniczką neubarską, a w 1964 ślub królewskiej córy Teresy Kunegundy z elektorem bawarskim Maksymilianem Emanuelem. Po śmierci Sobieskiego działy się w kościele straszne rzeczy: na mszy przedkoronacyjnej Franciszka Ludwika przeciwna mu szlachta zerwała baldachim z nad głowy kardynała Radziejowskiego. Potem kardynał musiał dobijać się do własnej świątyni, aby odśpiewać hymn dziękczynny za wybór Fryderyka Augusta (podwójna elekcja), gdyż biskup i dziekan zatrzasnęli przed nim wrota. 
 Odbyły się tu koronacje: Cecylii Renaty (12.09.1637 odbyły się zaślubiny z Władysławem, a dzień później jej koronacja), Eleonory Marii Wiśniowieckiej de domo Rakuskiej 19.10.1670 (królowa miała na sobie białą suknię atłasową, haftowaną w złote kwiaty, obszytą koronką i podbita gronostajem. Na niepudrowanych włosach niebieskie wstążeczki, pąsowa czapka aksamitna, gustowne naramienniki i piękny diament na piersi), Stanisława Leszczyńskiego i jego żony Katarzyny 04.10.1705 i Stanisława Augusta Poniatowskiego 25.11.1764 (do kościoła wpuszczano za biletami, od 8 rano czuwała służba, aby usadzić wszystkich na swoich miejscach. SAP przybrany był w piękną maskę, krótką kamizelkę srebrną, lamowaną złotem, podobny płaszcz i srebrne buciki jak u śpiewaków w teatrum. Na głowie kaptuza angielska z piórkiem). Na pocz. XVIII w. Stanisław Kleinpoldt Małopolski ufundował kaplicę na cudowny krucyfiks, który ocalał z kilku pogromów. Budowę kaplicy na miejscu starego skarbczyka skończono w 1716.Wykonawcą kaplicy jest prawdopodobnie artysta wysokiej klasy, Kacper Bażanka. W tejże kaplicy umieszczono w 1731 epitafium Jana Szembeka, który również sypnął groszem na kaplicę. W 1762 kaplicę wyremontowano kosztem hetmana Jana Klemensa Branickiego, malowidła na sklepieniu wykonał Plersch, a resztę ozdób wykonali artyści z Białegostoku. August III ufundował za swego panowania nowe dzwony z herbami królewskimi w 1739. Być może ich ciężar spowodował powstawanie rys na dzwonnicy, dość, że król wyasygnował pieniądze na skrócenie wieży w 1746 i wyremontowanie jej. W poł. XVIII w. przybyło nowe wyposażenie: ołtarz w kaplicy Literackiej (2 pary kolumn korynckich, wewnątrz obraz z tarczą i monogramem Marii pod koroną, a nad gzymsem scena koronacji NMP. Między kolumnami drewniane figury Ezechiela, Izajasza, Jeremiasza i Daniela), nowe wejście do zakrystii (rokokowy zegar z brązu otoczony z jednej strony przez Chronosa, z drugiej postać Boga Ojca wyprowadzającego świat; autorem portalu był Plersch). W 1752 zamówiono u Melchiora Gersztenberga nowe tabernakulum. W 1753-5 wyremontowano dach kościoła, gdyż spadające kawałki dachu mogły komuś uczynić krzywdę. W 1755 konsekrowano tu kanclerza królowej, Antoniego Erazma Wołłowicza. W 1763-6 kościół uzyskał przybudówkę piętrową, w której miejsce znalazły zakrystia kanonicka i wikarycka na parterze, a na piętrze skarbiec i biblioteka. Pracę wykonał Jakub Fontana, który zresztą wykonał projekt całkowicie nowej fasady i wnętrza, nie wykonany. W tym okresie epitafia i tablice nagrobne otrzymali: burmistrz Aleksander Czamer (1703), żona pisarza skarbowego ceł Ludwika Leśniewska (1719), burmistrz Franciszek Gerard (1729), biskup inflancki i kamieniecki Bronisław Hozjusz (1738) i członkowie Bractwa Literackiego: Feliksa Harbaszewskiego (1752) i Kazimierza Łysogórskiego (1760), a także malowane epitafium kanonika Bonawentury Turskiego (1750).
 Za czasów Stanisława Augusta Poniatowskiego, oprócz Fontany, nowe projekty kościoła przedstawili również August Moszyński, Dominik Merlini, Efraim Schroeder, Jakub Kubicki. 5.05.1785 paliusz arcybiskupi otrzymał ostatni prymas RP, Michał Poniatowski. W katedrze, 1791 zaprzysiężono Konstytucję 3 Maja. W 1768 stanął tu pomnik nagrobny bankiera Piotra Riaucourta. Pierwszym biskupem 21.12.1799 został prałat Józef Bończa Miaskowski. W 1806 Napoleon kazał wywieźć obraz Palmy Młodszego „Wskrzeszenie Piotrowina, aby uzupełnić zbiory Luwru; Bacciarelli namalował w zamian obraz o podobnym układzie. W 1820 obraz zwrócono, a malowidło Bacciarellego umieszczono w bocznej kaplicy, co okazało się złym pomysłem ze względu na słabe światło. 26.02.1807 odbyła się tu uroczysta msza za oswobodzenie spod okupacji pruskiej, a 21.06.1807 świętowano zwycięstwo Napoleona pod Friedlandem i zdobycie Królewca, w listopadzie za to witano Te deum księcia warszawskiego Fryderyka Augusta. 20.06.1815 ogłoszono w katedrze założenie Księstwa Warszawskiego, odczytano manifest cara Aleksandra I i zrzeczenie się praw do tronu Fryderyka Augusta. Na pocz. XIX w. powstały plany wyburzenia zabudowań między zamkiem a kościołem w celu lepszej jego ekspozycji. Plany wykonywał w 1822-3 Karol Majerski, ale że skończył w 1828, czyli po śmierci namiestnika Zajączka, nie zrealizowano tych planów. W 1823 projekt nowej fasady wykonał Hilary Szpilowski. We wnętrzu przeprowadzono również zmiany: w kaplicy Mansjonarzy ustawiono w 1820 nagrobek Bacciarelliego i jego żony, Fryderyki z Rychterów; Projekt nagrobka wykonał Szpilowski. Dwa lata później nagrobek przestawiono na bok i postawiono na środku chrzcielnicę z 1634. Dodatkowo doszły epitafia i nagrobki Andrzeja Boboli, burmistrza Franciszka Witthoffa, kamień grobowy prymasa Kazimierza Czartoryskiego i nagrobek wojewody malborskiego Franciszka Bielińskiego, a pod nim medalion z wizerunkiem jego syna, marszałka Kazimierza Bielińskiego. W 1822 odmalowano ściany, pozłocono ołtarz i rzeźby stalli. Powieszono również portret prymasa Poniatowskiego Giacomo Raffaelliego, a rok później portret abp gnieźnieńskiego Ignacego Raczyńskiego, wykonany przez Ludwika Fuhrmanna z Poznania. Wisiał tu również portret biskupa Onufrego Okęckiego pędzla Jana Chrzciciela Lampiego. 7.04.1826, wokół katafalku wykonanego przez Jakuba Kubickiego, odbyła się msza żałobna za cara Aleksandra I; wewnątrz w uroczystości uczestniczyło 2000 osób, 250 chórzystów, a orszak w ściśle określonej kolejności przeszedł ulicami z popiersiem cara. Specjalne requiem napisał Józef Kozłowski; uroczystości zakończyły się dopiero 12.04. 24.05.1829 witano tu nowego cara, Mikołaja I z zoną. 300 osób wykonało specjalny hymn napisany przez rektora Elsnera i hymny Soliwy.Tutaj Juliusz Słowacki umieścił akcję swojego dramatu "Kordian". Wprawdzie car Mikołaj podarował drogocenności kościołowi, ale po detronizacji w 1831 zostały one zabrane. W 1829 w kaplicy Literackiej powieszono nowe organy Rafała Ostrowskiego. Około tego czasu przeniesiono z klasztoru bernardynek nagrobek podskarbiego królewskiego Stanisława Warszyckiego i jego żony Zofii. Wymagający gruntownego remontu kościół przebudowano w latach 1837-40 wg proj. Adama Idźkowskiego; rozebrano południową kaplicę, a fasadę przekształcono w stylu angielskiego neogotyku. Pierwszy dał pieniądze, 150000 zł na remont, namiestnik Iwan Paskiewicz. W kwietniu 1837 świątynię czasowo zamknięto. Konstanty Hegel wykonał z kamienia ambonę w stylu gotyckim z postaciami 12 apostołów; Hegel wykonał również nowe ołtarze. W czasie remontu zawalił się jeden z filarów, o mało nie niszcząc pomnika Małachowskiego. Okazało się, że jest duża potrzeba wzmocnienia filarów i zmniejszenie dachu, zbyt wysokiego. W 1841 ustawiono postacie świętych ojców kościoła, wykonanych przez Ludwika Kaufmanna z gipsu. Nową balustradę oddzielającą nawę od prezbiterium i przy organach odlano w zakładach braci Evans. Same organy wykonał Saksończyk Wilhelm Bredow, miały 4 klawiatury i 52 głosy. Na koniec prac wewnątrz wymieniono mury fasady, gdyż odeszła ona od reszty ścian. Dodano nową posadzkę z marmuru i asfaltu, nowe żyrandole i świeczniki, a w lewej nawie znalazły się nowe ołtarze: Zdjęcie Z Krzyża z obrazem Aleksandra Kolkulara i Trzej Królowie z obrazem Franciszka Pfanhausera; w prawej nawie stanął ołtarz Zesłanie Ducha Świętego z obrazem Bonawentury Dąbrowskiego. 24.12.1840 uroczyście otwarto wyremontowany kościół. Poświęcono ołtarze, specjalną muzykę do Nieszporów napisał sam Józef Elsner. Pozostałe 3 kaplice wewnątrz skończono remontować w 1841 i wtedy również ukończono organy. W 1843 przeniesiono tu z rozbieranego kościoła Bernardynek grób zmarłego w 1634 Zygmunta Kazanowskiego, a także umieszczono epitafium zmarłego w 1838 pierwszego metropolity warszawskiego Stanisława Choromańskiego. W 1843 zakończono dopiero prace przy fasadzie w stylu gotycko-angielskim. W 1846 dodano epitafium abp warszawskiego Szczepana Hołowczyca, wykonane przez Konstantego Jakubowskiego. W 1849 wyremontowano również dzwonnicę. W 1851 podjęto dalsze drobne prace remontowe. W ołtarzu kaplicy Literackiej umieszczono obraz NMP Rafała Hadziewicza i epitafium prymasa Jana Woronicza (wyk. Ksawery Kaniewski). Samą kaplicę Literacką wyremontowano w 1859-60: dodano 13-głosowe organy Mateusza Mielczarskiego i zawieszono 2 portrety Hadziewicza: Michał Korybut i Jan III Sobieski.  
15.10.1861 przy okazji uroczystości pogrzebowych abp Fijałkowskiego uczczono rocznicę śmierci Kościuszki, na która władze carskie nie chciały się zgodzić. Dekoracje kościoła i katafalk Fijałkowskiego wykonał Podczaszyński przy współpracy z Dietrichem. Jednak 15.10 ludzie wyszli tłumnie uczcić pamięć Kościuszki, ale kościół został otoczony przez wojsko, wraz z Bernardyńskim. Pierwszych siłą wojsko wyprowadziło wiernych z kościoła bernardyńskiego, część z nich przysłano do św. Jana. Dopiero ok. 3 w nocy, kiedy otwarto drzwi dla wpuszczeniu ludzi z wodą, wraz z nimi weszło wojsko i wyprowadziło ludzi do Cytadeli, ogółem 1678 osób. Kościół na znak protestu zamknięto i otwarto dopiero w 16.02.1862.
 W 1863 dodano epitafia burmistrza Jana Dekerta i jego syna, biskupa halikarnaskiego, również Jana. Pomniki wykonał Henryk Statler. W 1864 kościół wymagał znów gruntownego remontu, który przeprowadził Józef Dietrich. Przy okazji rozebrano zniszczone organy Bredowa, które zastąpiono nowymi Mielczarskiego. W 1865 przysłano z Rzymu płaskorzeźbę Bolesława Syrewicza Chrzest Chrystusa w Jordanie. W 1866 na skutek różnych plotek, namiestnik Berg nakazał sprawdzenie tajemniczych podziemi katedry, o których mówiono, że prowadzą do zamku; jednak w czasie remontu Idźkowskiego większość przejść zasypano, w czasie poszukiwań znaleziono tylko sporo szczątków ludzkich i grób małżeństwa Bacciarellich. W 1867 jedna z mieszkanek miasta podarowała katedrze obraz Jabłońskiego św. Jan Kanty. W 1873 Bolesław Podczaszyński wykonał remont kaplicy Pana Jezusa, w tym samym czasie wykonano konserwację krucyfiksu. W 1875 hr. Adela Łubieńska podarowała okno malowane na szkle poświęcone pamięci jej rodziców; przedstawiało ono scenę złożenia Chrystusa do grobu, wzorowaną na obrazie Annibala Carraciego. Kolejne podobne okno z wizerunkiem św. Pawła Apostoła umieszczono tu w 1887, a następne z Janem Chrzcicielem w 1889. Oba wykonano w warsztacie Marii Łubieńskiej. W 1885 w pobliżu odnalezionego grobu Bacciarellich wmurowano tablicę ku czci Pincka wykonaną przez Syrewicza. W 1887 odświeżono również pomniki i zainstalowano urządzenie wentylujące oraz zabezpieczono ściany. W 1891 z lewej strony dobudowano do kruchty kaplicę przedpogrzebową w stylu neogotyckim, wg proj. Konstantego Wojciechowskiego. Zawieszono również wtedy dzwon przetopiony ze starego z 1671. W 1894 pod kierunkiem Dziekońskiego i Zygmunta Twardowskiego wyremontowano ołtarz główny, nad lożą królewską wybito zamurowane kiedyś okno, a 2 malowane otrzymały nowe oprawy szklane. Pod koniec XIX w. zainstalowano tu oświetlenie gazowe, dzięki fabryce odlewów Rudzkiego, która podarowała potrzebną ilość rur. W 1898 w kaplicy literackiej umieszczono epitafium prałata Rocha Filochowskiego, wykonane przez J. Sikorskiego z portretem na blasze pędzla Ludwika Kurelli. W 1899 wyremontowano kaplicę Literacką za koszt 3500 srebrnych rubli, a w 1904 w ołtarzu umieszczono nowy obraz Leona Biedrońskiego na pamiątkę 50-letniego jubileuszu ogłoszenia przez Piusa IX dogmatu Niepokalanego Poczęcia NMP. W 1901-3 odnowiono fasadę, z której tynk odpadał płatami; sprowadzono z Dolnego Śląska cegłę i pozłocono Jezusa na szczycie fasady. Równocześnie przebudowano kruchtę wg wymagań gotyku nadwiślańskiego i ustawiono tam dar latarników warszawskich Józefa i Franciszka Serafickich z 1905. Projekt przeróbek wykonał Hugo Kuder, a prace prowadzili Józef Norblin (rzeźbiarskie), Władysław Czosnowski (mularstwo), Maksymilian Horn (ciesielstwo i stolarka) i Stanisław Zieleziński (okucia). Koszt remontu to ok. 56000 rubli srebrnych. W 1908-9 wykonano następny remont wnętrza. Zreperowano również poddasze, gdzie złożone były kości mamuta. 15.11.1915 konsekrowano tu uroczysta mszę z okazji ponownego otwarcia uczelni polskich: UW i PW. W 1919 konsekrowano tu Achillera Rattiego (późniejszy Pius XI) na biskupa nuncjusza papieskiego; aktu konsekracji dokonał abp Aleksander Kakowski. W 1921 ustawiono w kościele pomnik dłuta Stefana Szyllera, upamiętniający poległych za ojczyznę w czasie I wojny. W latach 20 XX w. Pius Weloński wykonał dwa pomniki nagrobne dla kościoła: Zygmunta Felińskiego i Teofila Chościaka Popiela. W 1926 fasadę wyremontowano ponownie pod kierunkiem Hugo Kudera i współpracy rzeźbiarza Adama Karniewskiego. W 1937 wstawiono nowy witraż proj. Antoniego Michalaka przedstawiający św. Stanisława. 
 W 1939 część zniszczeń spowodowały pociski, a część pożar, trwający kilka dni. Zniszczyły się zupełnie organy, a nawet stopił dzwon na dzwonnicy. Zimą 39\40 Jan Zachwatowicz prowadził prace konserwatorskie; fasada nosiła ślady pożaru i brakowało kilku rzeźb, jednakże kościół nadal pełnił swe funkcje. 02.08.1944 pośród powstańczych barykad zapaliła się plebania. 13.08 hitlerowcy przy pomocy granatników próbowali wedrzeć się w głąb Starego Miasta, jednak katedra pozostała w rekach powstańców. 17.08 zapalił się dach od pocisków artyleryjskich. Spłonął on doszczętnie wraz z kaplicą Literacką, prezbiterium, stallami, ołtarzem głównym wraz z obrazem Palmy. Nad środkowa nawą zawaliło się sklepienie, a cudowny krucyfiks zdjęto i schowano w podziemiach kościoła św. Jacka. Kościół długo nie zostawał zdobyty: pewnego dnia do środka wtargnęło ok. 40 SS-manów, których wybito co do jednego, innego dnia hitlerowcy próbowali 6 razy zdobyć katedrę, jednak nie udało im się. 27.08 powstańcy musieli się wycofać ze świątyni; księża uratowali część wyposażenia. Po zakończeniu Powstania hitlerowcy wysadzili to, co pozostało z katedry.
 Kościół zaczęto odbudowywać w 1947 wg proj. Zakładu Architektury Politechniki Warszawskiej. Wywieziono 4000 m2 gruzu i wydobyto resztki pomników, grobowców, malowideł i ołtarzy. Jedyną ocalałą kaplicą okazała się kaplica Baryczkowska, jednak w 1947 wichura zawaliła część sklepienia. 11.04.1949 jednakże, po zawieszeniu ocalałego krucyfiksu w kaplicy, kościół zaczął znów działać. W tym samym czasie odbudowywano resztę świątyni. Używano cegły gotyckiej, częściowo uzyskanej z ruin, częściowo wypalanej specjalnie w Bydgoszczy. Prace prowadził Jan Zachwatowicz i Stanisław Hempel, a kierownikiem robót był Stanisław Marzyński. Kościół odbudowano w stylu gotyku mazowieckiego dzięki decyzji kardynała Augusta Hlond. W 1948 odbudowano kaplice Literacką, w 1949 ustawiono słupy i podwieszono specjalną żelbetonową konstrukcję dachu proj. Stanisława Hempla. W 1950 skończono dzwonnicę i szczyt fary. W 1951 pokryto dach specjalną dachówką, sprowadzoną z Bydgoszczy. W 1952 oddano katedrę w stanie surowym.
 Fasada to wypadkowa pomiędzy poprzednimi projektami katedry; dolna partię Zachwatowicz wzorował na wrocławskim kościele św. Doroty. Kamienny fryz wykonał Kazimierz Knothe, a fryz sgraffitowy ze znakami rzemieślników, gmerkami i herbami wykonany został na wzór starego. Rzeźbiarz Leon Machowski rekonstruował płyty nagrobne braci Wolskich i ostatnich książąt mazowieckich.
 Jest to halowa budowla gotycka, pokryta sklepieniem gwiaździstym. Pod szczytem widnieje napis IHS AΩ: IHS to grecki skrót zapisu imienia Jezus, choć często błędnie jest interpretowany jako łacińskie Iesus Hominum Salvator (Jezus Zbawiciel Ludzi). Znaczek pośrodku to połączenie greckich liter X i P, stanowi skrót słowa PAX. Po środku fryzu umieszczono herb kardynała Wyszyńskiego, po prawej herb parafii św. Jana (oko opatrzności i baranek), a po lewej herb Kapituły ze ściętą głową św. Jana. W herbie Wyszyńskiego stoi napis SOLI DEO (jedynemu Bogu).
  Miedziane drzwi autorstwa Adama Jabłońskiego z 1963 przedstawiają sceny z życia Jana Chrzciciela, przeniesienie kolegiaty z Czerska i sacra biskupa Achillesa Rattiego (późniejszego papieża Piusa XI). Pomiędzy tymi scenami ułożono chronologicznie wizerunki Orła Polskiego i warszawskiej Syrenki. Na odrzwiach jest napis PROPVGNACVLVM FIDEI (Ostoja wiary). Takie miano nadał jej w 1961 papież Jan XXIII, podczas nadawania jej miana bazyliki.
  Większość wyposażenia to rekonstrukcje: ołtarz główny (części srebrne wykonał Adam jabłoński, a w 1966 wstawiono w ołtarz kopię obrazu NMP Częstochowskiej, wykonana przez prof. Leonarda Torwirta) i ambona, stalle (pierwotnie dar Jana III Sobieskiego w podzięce za zwycięstwo pod Wiedniem, zrekonstruowane w 1963-73), balkony dla muzyków nad stallami (pierwotnie dar Jana Kazimierza), pomnik nagrobny Stanisława Nałęcz-Małachowskiego w nawie pn. (oryg. z 1830 proj. Thorvaldsena, wykonany przez Franciszka Maksymiliana Laboureura w Rzymie za 100000 zł. Roztrzaskany w 1944 przez czołg pomnik złożył w 1965 Józef Trenarowski), płyta nagrobna braci Mikołaja i Stanisława Wolskich (oryg. z 1566, odrestaurowana przez Leona Machowskiego), płyta nagrobna Stanisława Strelicy z 1532 (nawa pn. z poł. XVI w., z warsztatu Visherów, Norymbergia, odrestaurowana w 1968), płyta nagrobna ostatnich książąt mazowieckich (oryg. z 1526 Bernardinusa de Gianotis, odtworzona w 1966 przez Leona Machowskiego), serliana (portal między kruchtą a nawą Jana Baptysty Gisleni z czasów Zygmunta III Wazy), epitafia Adama Parżniewskiego i Alberta Baryczki, kaplice. Pozostałość po zniszczonym pomniku Adama Kazanowskiego wmurowano w ścianę pod chórem. Ocalało kilka obrazów: portrety Ignacego Raczyńskiego i Onufrego Okęckiego, płyty brązowe z epitafiów Zygmunta Felińskiego, Teofila Popiela i Stanisława Choromańskiego. Tron biskupi zaproj. w 1966 Jan Bogusławski. Nowe organy mają 57 głosów. Nowa, dębowa ambona ozdobiona jest rzeźbami Trenarowskiego, ustawiono ją w 1959. Powojenne epitafia to brązowa płyta kard. Hlonda (zm. 1948, wyk. przez Zofię Trzcińską-Kamińską w 1960), kard. Aleksandra Kakowskiego (zm. 1938, tablicę wyk. Leon Machowski w 1968), płyty AK Wigura, tablica z nazwiskami 70 księży zmarłych w czasie II wojny, tablica ku czci bohaterskiej postawy kobiet w czasie wojny. 
  Nowa jest kaplica Stefana Wyszyńskiego z 1986-7 wg proj. Bolesława Szmidta z grobem kardynała i epitafium wykonanym przez Leona Machowskiego i kaplica św. Jana Chrzciciela, która wprawdzie naśladuje stare style, ale jest powojenna. Kaplicę zaproj. Zbigniew Łoskot. W czasie odbudowy, na miejscu kaplicy Trójcy Św. umieszczono Baptysterium wg proj. Stanisława Żaryna z zabytkową chrzcielnicą z 1631 i obrazem Willmana Chrzest Chrystusa (druga poł. XVIIw.), przywieziony ze Śląska. Marmurowy portal zrekonstruowano. W oknach absydy umieszczono witraże proj. prof. Wacława Taranczewskiego (od lewej: życie i męczeństwo św. Jana Chrzciciela, NMP, życie i męczeństwo św. Stanisława Biskupa). Taranczewski wykonał również witraże fasady; od góry Genesis, Święta Trójca, Sąd Ostateczny. Kropielnica z XI w. stoi w kruchcie. Ofiarowano ją po II wojnie. Na przeciwko wisi krucyfiks z XVII w. podarowany przez parafię w Prażmowie.
 Kaplica Ubiczowania. Choć zniszczona w dużym stopniu w 1944, zo