Nazwa ulicy nie jest jednoznaczna, nie wiadomo bowiem, czy pochodzi od nazwy Jakubowo (sześć wsi - dwie w woj. kujawsko-pomorskim i po jednej w woj. mazowieckim, pomorskim, warmińsko-mazurskim oraz wielkopolskim; dwie osady - woj. warmińsko-mazurskie i wielkopolskie oraz osada leśna w woj. pomorskim) czy Jakubów (trzynaście wsi - pięć w woj. mazowieckim, po trzy w woj. dolnośląskim oraz łódzkim i dwie w woj. świętokrzyskim).
Etymologia tej nazwy może być jednak zupełnie inna. Jakubowicze tak zgodnie z tradycją zwano żydowskich kupców. Przy tej ulicy działali właśnie na pocz. XX w. żydowscy handlarze nieruchomościami.
Do 1954.04.12 taką nazwę nosiła również obecna ul. Naukowa.