Założony w 1354 z fundacji księcia mazowieckiego Ziemowita i jego żony Eufemii, zbudowany w kształcie krzyża z kaplicami po obu stronach. Osadzono tu pustelniczy zakon augustianów. Przy kościele był cmentarz z pięknymi nagrobkami, murowana kuchnia, łaźnia, studnia z dobra wodą, ogród i od 1442 szpital z przytułkiem założony przez księżną Annę. Po przyłączeniu Mazowsza do Polski świątynia pełniła rolę głównego kościoła Mazowsza. Był stałą siedzibą sejmiku, posiadał kapelę wokalno-instrumentalną. Augustianie oddawali chętnie posłom pomieszczenia, licząc na ich przychylność. Odbywały się też tu dysputy religijne, nawet z udziałem samych monarchów. Nierzadko również toczono pojedynki za murami kościoła w trakcie kłótni sejmowych. W 1620 doszło nawet do rozlewu krwi wewnątrz, kiedy to szlachta chwyciła za szable podczas obrad. Zakonnicy wydawali wiele uczt przy bogato zastawionym stole, była to swego rodzaju giełda polityczna. Augustianie mieli tu browar, również prowadzili zaciekłe spory z innymi zakonami. W 1628 klasztor opanowali podstępem Jezuici: przysłali kobietę z zaproszeniem do klasztoru jezuitów na obiad. Poszli wszyscy, zostawiając tylko jednego braciszka. Po uczcie Augustianie nie mogli dostać się do środka, po klasztor zajęty był już przez Jezuitów. Zakonnicy musieli mieszkać w kamienicy, ale na skutek interwencji nuncjusza papieskiego Jezuici zostali usunięci po 2 tygodniach i ukarani. Zakonnicy uwielbiali również muzykę, schodzili się tu muzycy warszawscy, tu byli chowani i tu muzykowali. W 1631-6 kościół przebudowano w stylu baroku przez Jana Spinolę, zmieniając równocześnie orientację i otwierając wejście od Piwnej. W 1699 granie z wieży wywołało zatarg z biskupem poznańskim, który w rezultacie zakazał koncertów na wieży. W XVII w. obrócono kościół o 180 stopni. W 1744 powstała nowa fasada wg proj. Karola Baya z płaskorzeźbą Matki Boskiej Plerscha. Po powstaniu styczniowym augustianów usunięto, a od 1869 umieszczono tu przytułek dla niewidomych; opiekowały się nim siostry miłosierdzia. W okresie międzywojennym działało tu Bractwo Żywej Róży. Kościół zniszczono w 1944, odbudowano w 1949-62 odbudowano wg proj. Jana Grudzińskiego. Od roku 1950 kościół jest przekazany siostrom franciszkankom służebniczkom Krzyża z Lasek dzięki nadaniu Wyszyńskiego. Wnętrze zostało całkowicie zniszczone w 1944, utworzono więc po wojnie całkowicie nowe wnętrze, zachowując tylko fragmenty gotyckie. Rzeźby MB, św. Krzysztofa św. Erazma i Wolfganga to kopie starych rzeźb, wykonane w 1938 na potrzeby wystawy rzeźby gotyckiej w Muzeum Narodowym. Wnętrze zaprojektowane zostało przez siostrę Almę Skrzydlewską są to stacje drogi krzyżowej wykonane techniką sgrafitto. Płaskorzeźby św. Marcina z piaskowca dolnośląskiego w prezbiterium wykonała Anna Grocholska, krucyfiks w ołtarzu głównym Jerzy Machaj, a witraże Teresa Reklewska. Wydobyty krucyfiks z gruzów kościoła uzupełniono wg proj. Barbary Brukalskiej. Kaplica MB Bolesnej zawiera kopię obrazu z ołtarza głównego z XVI w. i cztery odlewy rzeźb z XV w. Na filarach tablice pamiątkowe poświęcone żołnierzom Brygady Spadochronowej Polskich Sił Zbrojnych w Wielkiej Brytanii (tzw. Cichociemni) oraz harcerkom polskim poległym w czasie II wojny światowej.