Kościół ufundował książę mazowiecki Janusz Starszy i jego żona Anna. Świątynię erygował w 1411 biskup poznański Wojciech Jastrzębiec. Bolesław V rozbudował kościół do formy bazyliki w 1492-7. Istniała tu szkoła dla dzieci mieszczan, szpital i skrzynia, czyli kasa zapomogowa, z której wypłacano pieniądze dla poszkodowanych podczas klęsk różnego rodzaju. W czasie potopu szwedzkiego w 1656, kościół spłonął. W trakcie odbudowy w 1690 wprowadzono elementy barokowe, a w1780 całość otynkowano z fundacji burmistrza Stanisława Wójtowicza i radnego Mikołaja Baryczki. W 1709-34 powstała kaplica MB Szkaplerznej, a w 1726 kaplica św. Barbary z fundacji rodziny Głębockich. W 1821-9 kościół wyremontowano pod okiem prawdopodobnie Józefa Borettiego i Hilarego Szpilowskiego. W 1840-55 Alfons Kropiwnicki dodał wiele elementów neogotyckich: np. kruchtę i sygnaturkę i przebudował wnętrze. W 1883-90 rozebrano szkarpy i nadano świątyni charakter neoromański wg proj. Feliksa Walerego Zygadlewicza. Na początku XX w. jednak Towarzystwo Opieki nad Zabytkami Przeszłości podjęło działania odwracające XIX-wieczne zmiany. Przebudowy trwały w latach 1905-15 i 1936, kiedy próbowano odtworzyć dawny wygląd kościoła. Odbudowując kościół po zniszczeniach wojennych w 1947-57 przywrócono formę gotycką pod kierunkiem Beaty Trylińskiej, wg proj. Haliny Kosmólskiej. W podziemiach kościoła znajdują się groby osób zasłużonych, m.in. włoskiego zakonnika, nauczyciela Stanisława Augusta Poniatowskiego, Antoniego Portaluppiego. Bryła kościoła jest zlepkiem różnych stylów. Na ścianach umieszczone są epitafia: proboszcza Macieja Jagodowicza z 1673 i 2 inne, Katalończyka Bonawentury de Galves z 1774 (lekarza, który wynalazł uniwersalne lekarstwo na wszystko) i organmistrza, Józefa Antoniego Wierzbowskiego z 1781, będące pamiątką po cmentarzu nowomiejskim. Wewnątrz jest trójnawowe i czteroprzęsłowe z gwiaździstymi sklepieniami. Na wschodniej ścianie nawy północnej znajduje się fragment fresku późnogotyckiego. Znajdują się w prezbiterium dwie grupy rzeźbiarskie dłuta Francesco Jerace z 1899-1900 z fundacji Emilii i Feliksa Sobańskich: Św. Anna i Najświętsza Maria Panna oraz Św. Monika i św. Augustyn. Resztę wyposażenia przywieziono z innych świątyń, neogotycki ołtarz główny z 1932 z marmuru karraryjskiego z grupą rzeźbiarską NMP i św. Elżbiety autorstwa Ferdynanda Palla z fund. Marii i Jana Bączkiewiczów, ambona z 1903 sprowadzona z Ziem Zachodnich, chrzcielnica z XVII \ XVIII w. Dwie barokowe kaplice boczne: kaplica Matki Boskiej Szkaplerznej z 1709-34 (północna) umieszczona została kuta krata z XVIII w. Kaplicą tą opiekuje się Bractwo założone w 1628 specjalnie w tym celu. Kaplica św. Barbary z 1726 jest pod opieką bardzo starego Bractwa Rybackiego, będącego odpowiednikiem cechu. Wisi tu obraz Michaela Willmana z 1682, Nawiedzenie Najświętszej Maryi Panny, sprowadzony z kościoła w Lubiążu. Kuta krata w wejściu do kaplicy północnej z poł. XVIII w. Epitafia proboszcza Macieja Jagodowicza z 1673, proboszcza Mikołaja Macieja Zachniewicza z 1779. Obrazy św. Jan Ewangelista z XVIII w., Zaślubiny Marii z przeł. XVIII i XIX w., Widok wnętrza kościoła Il Gesu w Rzymie z 1900, wykonany przez Kazimierza Mordasewicza. Skrzydło drzwiowe okute płaskownikiem z wyobrażeniem Arma Christi z XVII w.Kuta krata z 1850. Dzwonnica. Powstała na rzucie kwadratu w XVI w. Istniała legenda, że dzwonnicę wystawił młynarz, który nie mógł się doczekać dzieci. Pewnego dnia miał sen, że aby dostać nieco Bożej Łaski i opieki, ma wystawić na wzgórzu kaplicę. Na wzgórzu istniały już fundamenty kościoła, niewiele myśląc, młynarz wystawił obok dzwonnicę, co potwierdzać miały „młyńskie kamienie w ścianach. Owe kamienie zostały użyte jako wzmocnienie, nie były oczywiście młyńskie. Dzwon odlał w 1545 Maciej Mrugawka, ludwisarz z dziada pradziada. W 1781 została otynkowana. W kwadratowej niszy od strony ulicy od 1641 do II wojny światowej znajdował się zegar Nowego Miasta. W 1912 została odnowiona przez Teofila Wiśniowskiego i Stefana Kozłowskiego. W 1936 Konstanty Jakimowicz restaurował gotyckie wątki wieży. Częściowo zniszczona w 1944, odbudowana w 1947-57 pod kierunkiem Haliny Kosmólskiej. Plebania. Postawiona w 1775 z fund. Proboszcza Jana Maranowskiego, jako część większego kompleksu budynków; mieścił się tu jeszcze szpital, szkoła i budynki gospodarcze. Zburzone w 1944, odrestaurowane dość dowolnie w 1957-65 pod kierunkiem Haliny Kosmólskiej. Organistówka. Postawiona w 1775 jako część większego kompleksu budynków; mieścił się tu jeszcze szpital, szkoła i budynki gospodarcze. Zburzone w 1944, odrestaurowane dość dowolnie w 1951-2 pod kierunkiemHaliny Kosmólskiej. Otynkowana w 1965. Figura Matki Boskiej z Dzieciątkiem. Postawiona w 1870, wykonana przez Jana Sikorskiego. Pomnik Waleriana Łukasińskiego. Na cokole napisy: Walerian Łukasiński 1786 1868 i Major 4 pp. Księstwa Warszawskiego. Współzałożyciel Narodowego Towarzystwa Patriotycznego, carski więzień stanu 1822 1868. Więziony w twierdzach Zamościa i Szlisselburga. Do 1822 mieszkał przy ul. Przyrynek 4. Umieszczono tu również jego wypowiedź: Sto razy orężem Polaki mogą być zmuszeni do posłuszeństwa. I sto razy powstawszy walczyć będą z powiększonym zapałem za swoją niepodległość dopóki nie zostaną wolnymi. Pomnik ufundował ks. Zdzisław Król, kanclerz Kurii Metropolitalnej Warszawskiej. Pomnik wykonał Andrzej Kasten, a odsłonięto go XI 1988. Grób. Złożono tu prochy zebrane z terenu kościoła, będące prawdopodobnie pozostałością po cmentarzu. Miejsce uświęcone krwią walczących o wolność: tu 29.08.1944 hitlerowcy rozstrzelali grupę ludności cywilnej.