Początkowo stał tu drewniany dworek wojewodziny Krasińskiej i obok był pusty plac Zamoyskich. Na miejscu zniszczonego najazdem szwedzkim drewnianego kościółka z 1642 projektu Constante Tencalli, powstał w 1661-82 wg proj. Józefa Szymona Belottiego (lub Tylmana z Gameren). Z braku pieniędzy często budowa stawała, dopiero w 1667 postawiono ściany, a w 1672 pokryto dach specjalnie sprowadzoną dachówką z Gdańska, kończąc prace w 1700. Kościół konsekrowano dopiero w październiku 1701, a również umieszczono w środku nie istniejący już ołtarz Efraima Schroegera. Orientowany na planie krzyża, w 1761-2 zyskał fasadę wg proj. Efraima Schroegera, która była pierwszym przypadkiem architektury klasycystycznej w Polsce, z fundacji Karola „Panie Kochanku” Radziwiłła. Fasadę ową wygrał od księcia ojciec Michał. Książę nie lubił Warszawy i pędził niezwykle hulaszczy żywot, choć spowiadał się z niego regularnie. Na jednym z wieczornych spotkań książę opowiadał sprośne dowcipy, aż ojciec Michał wyraźnie się zgorszył. Zmieszany książę powiedział, że on tylko w gębie taki sprośny, na co ojciec Michał powiedział: „Myli się książę. Ma książę na sumieniu krzywdę nie wynagrodzoną”. Na co Radziwiłł się zdenerwował i kazał zakonnikowi dowieść jego winy, jeśli to zrobi, to on zobowiązuje się wystawić im nową fasadę! Na co zakonnik odpowiedział: „Zanim przyoblekłem się w te oto suknie zakonne, nazywano mnie Jacek Wierszuł, Byłem narzeczonym Marianny Maciążkiewiczówny, która...” Książę nie dał mu dokończyć, aby nie wyszedł na jaw jeden z jego czynów: napadł na zagrodę jednego z biednych szlachciców, uprowadził dziewczynę i zgwałcił, przez co ona popełniła samobójstwo. Następnego dnia książę wydał zgodę na budowę fasady. Na szczycie kościoła umieścił on kulę miedzianą, zwaną banią karmelicką, dzięki czemu w Warszawie ukuto powiedzenie „spuchł jak bania karmelicka”. Kula jest opleciona wężem przyciśniętym kielichem z hostią – symbol wiary. W czasie potopu kościół doszczętnie zniszczono za ostrzał armatni, jaki prowadziła z tarasu na tyłach świątyni Maria Ludwika (żona Jana Kazimierza). Napis łaciński na tablicy nad wejściem głosi: Bogu Najlepszemu Najwyższemu, Najświętszej Dziewicy Wniebowziętej i Jej mężowi świętemu Józefowi świątynię jaśnie oświeceni książęta Michał Radziwiłł, wojewoda wileński, hetman wojsk Wielkiego Księstwa Litewskiego ślubował, Karol, wojewoda wileński, najznakomitszy i najbardziej posłuszny syn wystawił, jeden i drugi wyposażył i ukończył, ich dzieło marmurowi powierzyli karmelici bosi wielce zobowiązani roku 1782 dnia 28 września. Brał tutaj ślub Jan III Sobieski i Maria Kazimiera d’Arquien. W 1850 kościół wyremontowano pod kierunkiem Stefana Balińskiego. W latach 1853-7 renowację urządzeń we wnętrzu i umieszczając nowe ołtarze i chór wg proj. Leona Sużyńskiego i Piotra L. Karasińskiego. W 1858-62powstała kaplica Grobu Chrystusowego wg proj. Henryka Marconiego. W 1862 powstały nowe organy. Nowe organy powstały w 1928. Budynek ocalał po wojnie, ponieważ był wykorzystywany przez hitlerowców do ostatniej chwili i po prostu nie zdążyli go spalić. W latach 1949-53 kościół pełnił rolę prokatedry, w zastępstwie odbudowywanego kościoła św. Jana. W 1973-5 wyremontowano wnętrza, w 1987-99 cały klasztor, pozbawiając wnętrza autentyzmu. Na szczycie umieszczono Nadzieję i Miłość, a pomiędzy nimi umieszczono ową banię, którą oplata wąż z jabłkiem w pysku, przyciśnięty kielichem z Hostią. Na fasadzie rzeźby Teresy z Avila i św. Jana od Krzyża. Wnętrze nie zostało ukończone, ale wyposażenie jest z XVIII i XIX w: ołtarz główny z 1750 z rzeźbami Plerscha, ołtarze boczne: Imienia Jezus (Bractwa Różańcowego z poł. XVIII w. z rzeźbami Plerscha Zaślubiny NMP i obrazem Czechowicza Wniebowzięcie NMP), MB Różańcowej (z pierwszej poł. XVIII w. z figurami św. Jana Kantego, zakonnika i św. Judy Tadeusza, obraz MB Różańcowa z XV w., przeniesiony z Wizytek, podarunek Innocentego III dla Sobieskiego po zwycięstwie nad Turkami), MB Szkaplerznej (Bartłomiej M. Bernatowicz 1727 z rzeźbami św. Joachima i proroka Eliasza i obrazem Handziewicza z XIX w. MB Szkaplerzna ze św. Janem od Krzyża i św. Teresą a także Prorok Eliasz na ognistym rydwanie), św. Teresy z Avila (1727 Bartłomiej M. Bernatowicz z obrazami św. Szymon Karmelita, Ekstaza św. Teresy z XVIII w. i rzeźbami św. Joachima, zakonników), św. Michała Archanioła (1857 Leon Sużyński, obrazy św. Michał Archanioł z fundacji Długoszów z XVIII w.), św. Wincentego Ferrariusza i św. Stanisława Biskupa (1854 Piotr L. Karasiński, obrazy św. Stanisław Biskup wskrzeszający Piotrowina z XIX w.,św. Wincenty Ferrariusz z XIX w., przeniesiony z klasztoru Dominikanów Obserwantów, MB Częstochowska), św. Jana od Krzyża (1790 Leon Sużyński, obrazy Smuglewicza św. Jan od Krzyżai rzeźby św. Teresa z Avila i św. Jan od Krzyża z XVIII w.), św. Barbary i św. Tekli (1857 Leon Sużyński z obrazami św. Barbara z XVIII w. i św. Tekla z XIX w,. św. Jacek, MB z Dzieciątkiem, a także figury św. Wojciech i św. Jan Nepomucen warsztatu śląskiego), św. Wawrzyńca (1857 Leon Suzyński, z obrazem Smuglewicza św. Wawrzyniec Diakon i figurą św. Antoni z Dzieciątkiem), MB Patronki Dobrej Śmierci (1857 Leon Sużyński, z obrazem w typie ikony z 1990 Mariana Paciorka), Chrystusa Ubiczowanego (1852 Adam Nowicki z obrazem Chrystus Ubiczowany z XIX w. i rzeźbą Oskara Sosnowskiego z 1862 Chrystus w Grobie), ambona z pocz. XVIII w. z alegoriami 4 kontynentów (brak Europy), chór (1857 Leon Sużyński), organy z 1928 Wacława Biernackiego, kropielnica z XVIII w. i kropielniczka z XVII w., obrazy św. Anna i św. Teresa z Avila (ok. 1858 Karol A.T. Marconi) i inne, głównie z XVIII i XIX w., epitafia m.in. Piotra Karasińskiego (Syrewicz 1877)Marii Polczyckiej (z popiersiem Syrewicza), Józefa Kalasantego Szaniawskiego (1854 Podczaszyński z portretem Ksawerego Kaniewskiego), Rafała Handziewicza (1877 Syrewicz), Antoniego Czaplickiego (1865 Leon Myszkowski), pomnik braci Bronisława i Eugeniusza Sosnowskich z 1859 z rzeźbą Tomasza Sosnowskiego. Klasztor pokarmelicki. Karmelici Bosi przybyli do Warszawy w 1637. Do zakonu chciał wstąpić królewicz Jan Kazimierz, ale jego ojciec, Zygmunt III Waza, wyperswadował mu ten krok. Sam klasztor stanął w 1690-1701 z fundacji prymasa Michała Radziejowskiego. W XVIII w. klasztor rozbudowano o przylegającą kamieniczkę, a Michaelangelo Palloni ozdobił w 1702 wnętrza freskami. Zakon czerpał dość spore dochody od bractwa uzualitów, założonego w 1717 przy klasztorze. Uzualici posiadali monopol na granie muzyki kościelnej, dany przez Augusta II, za co pobierali opłatę. Od 1754 toczyli prawdziwe bitwy z marianami od kościoła NMP, napadali na nich i niszczyli im instrumenty. Wyrokiem sądu przyznano racje... obu bractwom: marianom, że grali, uzualitom, że bronią przywilejów. W 1774 dodano przybudówkę wg proj. Efraima Schroegera. Ok. 1775 Szwajcar Robbi otworzył tu pierwszą w Warszawie cukiernię. W 1864 nastąpiła kasata zakonu i klasztor przeszedł w ręce diecezji. W 1925 dobudowano gmach biblioteki wg proj. Konstantego Jakimowicza. W okresie międzywojennym działały tu piwnice win Wacław Rago i S-ka z restauracją. W czasie remontu w 1987-9 usunięto zabytkowe posadzki, stropy, klatki schodowe, również freski. W seminarium mieści się galeria portretów biskupich z XVII – XIX w. Na fasadzie umieszczone są dwie tabliczki: jedna z XIX w., druga z przedwojennym nrem posesji. Na bramie klasztornej łaciński napis: Zbawienie nasze w ręku Marii.