Zakon został sprowadzony przez księcia mazowieckiego w 1454. W 1507 drewniany klasztor spłonął, nowy powstał w 1511, zbudowany przez Antoniego z Biecza, głównie dzięki pieniądzom mieszczanina Baltazara Burcholczera. W 1513-4 Jan z Komorowa dostawił nowe skrzydło, łącząc kościół z klasztorem. Klasztor wówczas zajmował przestrzeń od zamku aż po ul. Bednarską. Nie przebudowane pozostałości to skrzydło pn.-wsch. z 1514, pn. z 1533. W 1578 Bernardo Morando, z inicjatywy Anny Jagiellonki, wystawił tu ceglana wieżę widokową. W 1603 gwardian Paweł z Łęczycy dobudował dwupiętrowe skrzydło od zachodu, tworząc wirydarz. W skrzydle tym mieścił się zajazd gościnny dla magnatów i szlachty, a także siedziba nuncjusza papieskiego, co sprawiało zakonnikom sporo kłopotów. Po wyjeździe nuncjusza Philomardiego król zlikwidował zajazd i przeznaczono piętro na sypialnię dla kleryków, a na parterze mieściła się apteka i lektorium. W 1638 Kazimierz z Gąbina dobudował drewnianą część dla nowicjuszów, mieszczące także pokoje gościnne. W 1634 dobudowano poprzeczne skrzydło z lektorium i biblioteką. W najstarszej części budynku na parterze znajdował się wielki refektarz na nawet 300 zakonników. W środku zachowały się najbogatsze w Europie sklepienia kryształowe z 1514. W 1865 przebudowano klasztor na potrzeby seminarium duchownego wg proj. Franciszka Tournelle i seminarium przeniosło się tu z Jezuickiej 4 w marcu 1866, a po roku wyniosło się do klasztoru pokarmelickiego. Część budynku zostało w rękach archidiecezji, część przejęło miasto. Część klasztorną przebudowano w 1904-13 wg proj. Hugona Kudera. Zburzono górne piętro, zmieniono pomieszczenia mieszkalne, dodano dekoracje. W 1939 hitlerowcy zbombardowali klasztor. Druga część klasztoru wydzierżawiło na 15 lat Towarzystwo Zachęty Sztuk Pięknych i przebudowało pomieszczenia wg proj. Juliana Ankiewicza w 1870. Kilka pomieszczeń podnajęto kupcowi Blochowi na magazyny. Od 1880 mieściło się tu Warszawskie Muzeum Przemysłu i Rolnictwa. Kompletnie zniszczony budynek w 1944 odbudowano z dużymi zmianami w 1949. Po wojnie mieściła się tu Centralna biblioteka Rolnicza. Kościół św. Anny. Powstał w 1454 z fundacji Anny Holszańskiej, żony Bolesława, księcia mazowieckiego. Księżna, wracając z Krakowa, zabrała ze sobą 6 Bernardynów, zapisując im w testamencie tą ziemię. 04.12.1454 bp poznański Andrzej Opaliński dokonał poświęcenia świątyni, patronem został św. Bernardyn ze Sieny. Pod koniec XV w. kościół był juz zdecydowanie za mały, bo kaznodzieja Ludwik z Warki musiał wygłaszać kazania na placu przed kościołem. 30.05.1515 klasztor spłonął w czasie pożaru, odbudowano go dzięki fundacji Anny Radziwiłłówny, na cześć której kościół otrzymał wezwanie. Urządzanie wnętrza trwało aż do 1533, zaczął Jan z Komorowa wg pomysłu Michała Enkingera, a prace kontynuowali Uriel z Grabowa, Innocenty Costenus, Feliks z Kościana, Franciszek Stroll, Bartłomiej z Warszawy i in. Główną fundatorką była Anna Radziwiłówna i Jan Lubrański, biskup poznański. Sklepienie było błękitne, żebra ceglane a ściany w woskowej tonacji. Ściany ozdobione były motywami roślinnymi. Wewnątrz mieściło się 5 ołtarzy, główny wykonał Bartłomiej Łazarz w 1510 z fundacji bp Jana Lubrańskiego. Boczne ołtarze to: bł. Ładysława z Gielniowa z XVI, ufundowany przez królewskiego ogrodnika Józefa, a na przeciwko stał ołtarz bł. Piotra z Alkantary z końca XVI w. Pozostałe dwa ołtarze były połączone, powstały w 1630, zawierały obraz św. Antoniego Padewskiego i drugi Matki Boskiej. W prezbiterium stały stalle wykonane przez brata Sylwestra albo Pawła z Wilna. Organy ozdobione były rzeźbami i obrazami, piękna ambona wisiała przy prezbiterium. Brat Feliks, ślusarz bernardyński wykonał wspaniałe kraty z bramkami wejściowymi. Do dziś stoi kropielnica z ok. 1620 z czarnego marmuru w kształcie kielicha z fundacji Zygmunta III Wazy. W tamtym okresie w kościele było 30 epitafiów i nagrobków: księżnej mazowieckiej Anny z Radziwiłłów (wyrzeźbiona postać leżącej księżnej, płyta z czerwonego marmuru, nagrobek wystawił syn Stanisław – nagrobek zniszczył się w czasie pożaru w 1657), wojewody mazowieckiego Jana Dzierzgowskiego, pomnik bł. Ładysława z Gielniowa ( w 1572 przeniesiono szczątki do sarkofagu z jego wizerunkiem i namalowanym tryptykiem. Części drewniane spłonęły w 1657, resztę rozebrano, a złote i srebrne wrota przetopiono na pieniądze, za które odbudowano kościół po pożarze), pomnik bp chełmińskiego i sekretarza królowej Bony Adama Pilchowskiego (pochowanego w katedrze w Chełmie), skarbnik i notariusz Wielkiego Księstwa Litewskiego Macieja Woyny (sarkofag z wizerunkiem rycerza, powyżej wisiał proporzec  z obszernym napisem o pochodzeniu i zasługach Woyny). Epitafia były 2 w prezbiterium i 23 w nawach: bp płockiego Jana Lubrańskiego, ochmistrzyni dworu Anny Jagiellonki Elżbiety Majewskiej (1582), starościna szydłowiecka Elżbieta Herburt z Fulsztyna (1597), Barbara Herburt z Fulsztyna (1597), nuncjusz papieża Klemensa VII Francesco Bossio, sekretarz Batorego Marcin Berzewicz, kanclerz wielki koronny Feliks Kryski (w rodzinnej kaplicy grobowej), chorąży Zygmunta III Paweł Kryski (rodzinna kaplica grobowa) i 18 innych. Wszystkie marmurowe epitafia zostały zniszczone w czasie pożaru w 1657. Z uwagi na bliskość zamku, w czasie zjazdów odbywało się tu nawet do 200 mszy dziennie!! W 1636 przedłużono zakrystię.     W czasie potopu został zniszczony: Warszawa broniła się w dniach 12-16.06.1657 i kościół stanowił bastion obrony przed najeźdźcą. 16.06 Rakoczy podszedł pod kościół, obrońcy musieli się wycofać, a kościół został spalony, choć nie do końca wiadomo, kto podłożył ogień. Oskarżono dowódców obrony, jednak sprawy nie rozstrzygnięto. Budowlę odbudowano dopiero w 1658-67 w stylu barokowym. Najpierw gwardian Krzysztof Skórowski wraz z braciszkami odgruzowali i odrestaurowali zniszczona część klasztoru do 1660. Głównym fundatorem odbudowy został kasztelan wojnicki, Jan Wielopolski, którego pochowano w kościele w 1668. W tym samym roku okazało się, że są pęknięcia na sklepieniu i wymaga ono szybkiego remontu. Wzmocniono więc sklepienie i jego konstrukcję nośną, zmieniono również wystrój wnętrza: pilastry wzbogacono o kapitele z wolut, liści akantu i girland owocowych. Zaczęto również zmieniać fasadę, wg proj. Giovanni Batisty Gisleniego. Nie udało się szybko ukończyć prac, ponieważ brakowało pieniędzy, poważny zastrzyk gotówki, 10.000 florenów dał wojewoda krakowski Dominik Lubomirski dopiero w 1727. W 1734 roboty były już bardzo zaawansowane, ale wstrzymano prace i usunięto rusztowania na przyjazd Augusta II Sasa do Warszawy. Po wizycie skończono fasadę, ale znów zmieniono koncepcję, juz po raz 3-ci: teraz kościół miał mieć 2 wieże. Autorem trzeciej wersji był prawdopodobnie Jakub Fontana. Ołtarze ustawiano w latach 1700-25, organy w 1701, a meble w zakrystii w 1733-54. W kościele wydarzył się cud związany z osobą Ładysława z Gielniowa, który został tu przeorem. Pewnej niedzieli, głosząc płomienne kazanie, uniósł się na jakiś czas nad ambonę i w ekstazie zawisł w powietrzu. Od tego czasu uważany jest za świętego i został jednym z patronów miasta. Ładysława pochowano w kościele i rozpoczęto starania o beatyfikację. Trwała ona dość długo, aż pewnego razu, 100 lat później, trumna Ładysława sama się otworzyła. Po zniszczeniach szwedzkich, kościół odbudował Stanisław Kostka Potocki wg proj. Chrystiana Piotra Aignera. Jednak fundusze Bernardynów i Izabelli Lubomirskiej okazały się za małe. Z pomocą pośpieszył Józef Kwieciński, prawdopodobnie właściciel łaźni tureckich nad Wisłą. Prosił go o to sam król Stanisław August na osobistej audiencji, mówiąc, że jeśli chce koniecznie mu coś ofiarować, to niech ufunduje fasadę, co upamiętnia tablica. W 1786-8 Stanisław August Poniatowski ufundował nową fasadę. 09.05.1794 na szubienicy przed kościołem zawisł zdrajca, biskup inflancki Józef Kossakowski. W 1819 fasadę odnowiono wg proj. Hilarego Szpilowskiego i w 1848 wg proj. Alfonsa Kropiwnickiego. Po powstaniu styczniowym z fasady usunięto orła, zastępując go obrazem św. Anny Antoniego Murzynowskiego. W 1864 zakon został skasowany w Polsce za udział w powstaniu styczniowym; planowano zamienić kościół na cerkiew prawosławną, ale zrezygnowano z pomysłu. Usunięto także zegar z tympanonu i wstawiono tam litery SA. W 1881-4 dobudowano do północnej ściany kaplicę pogrzebową. W 1930 kaplicę przebudował na bezstylową inż. Jan Łukasik. W 1928 nie oddano bernardynom kościoła, lecz zamieniono go na świątynię akademicką. Do września 1939, w czasie konserwacji znaleziono wiele szkieletów, które wywieziono na cmentarz Bródnowski, odkryto gotyckie mury. Kościół spłonął w czasie II wojny światowej, choć bractwa kościelne zaangażowane były mocno w odbudowę kościoła w czasie okupacji. W 1939 spłonęła we wrześniu kaplica loretańska. W 1946 zawalił się zachodni szczyt kościoła. W 1949 skarpa zaczęła się osuwać przez budowę Trasy WZ, dlatego kościół podparto palami pod ziemią, pracami kierował prof. R. Cebertowicz. W trakcie odbudowy kościoła wywieziono gruz wraz z pomnikami i potłuczonymi pod budowę Stadionu X-lecia. W 1970 Beata Trylińska usunęła obraz Murzynowskiego i zrekonstruowała orła. W czasie prac remontowych 1976-80 zniszczono unikalną salę gotycką. 03.06.1979 papież Jan Paweł II spotkał się na pielgrzymce z młodzieżą. Po śmierci Jana Pawła II tutaj tysiące osób żegnało papieża. Pod koniec lat ’80 XX w. skończyły się prace konserwatorskie B. Trylińskiej, trwające od 1973. Kościół jednonawowy, łączący w bryle 3 różne epoki: gotyckie prezbiterium, barokowy korpus i klasyczna fasadę. Nad wejściem tablica z łacińskim napisem W roku odkupienia 1788 za króla Stanisława Augusta, sprzyjającego [rozwojowi życia] religijnego, Józef Kwieciński świątynię tę wzniesioną własnym kosztem w fasadę wyposażył. Na fasadzie trzy postacie ewangelistów dłuta Jakuba Monaldiego, z fundacji Stanisława Augusta. Jeden z ewangelistów na rysy króla, drugi być może Kwiecińskiego. Z tyłu data A.D. MDCLXVII, oznaczająca zakończenie budowy kościoła. Dzisiejsze posągi ewangelistów stoją w miejscu starych okien: są to 4 Ewangeliści: św. Łukasz, św. Jan, św. Mateusz, św. Marek, ale płaskorzeźby nad nimi to odpowiednio personifikacje Obfitości, Sprawiedliwości, Opieki i Ofiarowania. Rzeźby wykonali Jakub Monaldi i Franciszek Pinck.            Na Placu Bernardyńskim przed kościołem Batory odbierał hołd pruski, tu witano Sobieskiego wracającego spod Wiednia, tu na Wielkanoc Warszawiacy przychodzili oglądać „groby chrystusowe”, za co hitlerowcy wywieźli do Dachau proboszcza Edwarda Detkensa. Wewnątrz barokowe malowidła iluzjonistyczne z XVIII w. na ścianach i sklepieniach. W 1750 brat Walenty Żebrowski wykonał na sklepieniach i scianach malowidła, a w 1751-3 wnętrze kaplicy bł. Ładysława. W 1843-5 Marcin Zaleski wykonał konserwację polichromii. W 1885-8 za 4000 rb. Antoni Strzałecki odmalował farbami klejowymi wnętrza i w 1904-5 kaplicę Ładysława odnowili Antoni i Jan Strzałeccy oraz Michał Kondras i Sejbold. W 1904 Hugo Kuder wybił 2 okna i w 1913 wejście z nawy do kaplicy Loretańskiej. Spowodowało to zniszczenie części polichromii, w związku z czym w 1913 Kazimierz Kowalewski i Feliks Konecki uzupełnili braki ale i przemalowali ściany, zmieniając kompozycję. Po wojnie, w 1947-53, konserwację w apsydzie i kaplicy Ładysława wykonały Janina Prószyńska-Gulbinowa i Zofia Morawska-Knothe. Resztę malowideł konserwowali w 1971-9 i w kaplicy Ładysława w 1980 Konstanty i Władysława Tiunin. Usunęli farby klejowe, tempery i olejne, odsłaniając malowidła pierwotne i odtworzyli je do końca na podstawie ikonogafii i zachowanych kolorów na innych scianach. Malowidła przedstawiają św. Annę i NMP. Wyposażenie pochodzi z XVII i XVIII w. z klasztornego warsztatu. Ołtarz główny zbudowano z części poprzedniego, prawdopodobnie dzieła Tylmana z Gameren. Ufundował go Andrzej Trębosz (powstawał 1677-80). W 1783 odnowiono ołtarz i dodano nowe tabernakulum. Ołtarz remontowano także w 1848, prace wykonali Henryk Heinze i Fryderyk Blikle. W 1887 obraz w ołtarzu został wyzłocony na nowo przez niejakiego Kowalskiego. W 1913 ołtarz ponownie odnowiono. Secesyjne antepedium wykonali bracia Łopieńscy w 1906. Tabernakulum zostało usunięte w 1932 i wstawione nowe przez rektora, ks. Edwarda Szwejnica wykonane przez braci Łopieńskich wg proj. Stefana Szyllera. W 1944 ołtarz częściowo uszkodzony odnowili w 1975-7 pozłotnik Eugeniusz Kuś, stolarz Zygmunt Burzyński oraz Lucjan Wawrzynkiewicz. Kaplica bł. Ładysława z Gielniowa z 1620 z freskami ks. Walentego Żebrowskiego z 1753. Malowidła przedstawiają beatyfikację Ładysława i ogłoszenie go patronem Polski, Litwy i Warszawy. Powstała jako kaplica rodowa Kryskich z Drobina z fundacji Zofii z Łubieńskich Kryskiej, wdowy po wojewodzie mazowieckim i kanclerzu wielkim koronnym Feliksie Kryskim. W 1624 pochowano tu także syna, Pawła Kryskiego, a w 1650 w końcu pochowano tu Zofię. W 1747 kaplica nosiła juz dzisiejszą nazwę. Usunięto dekoracje i epitafia Kryńskich, ale największe zmiany w wystroju nastąpiły w 1724-53. Wnętrze remontowano w 1904-6, a zewnętrze w 1885 i 1891.W 1938 obniżono nasyp wokół kaplicy, tak, że odsłonięto stopę cokołu z piaskowca. Pracami kierował Jan Łukasik. W 1939 zarysowały się ściany od wybuchu bomby, ale do 1949 kaplicę odnowiono pod kierunkiem Beaty Trylińskiej. W ołtarzu obraz pierwotny bł. Ładysława zastąpiony został obrazem św. Zyty (1889 L. Biedroński). Rzeźby to św. Bernardyn i św. Jan Kapistran z 1747, przeniesione po 1750 do zakrystii, a na ich miejscu stanęły od 1753 personifikacje cnót wykonane przez Plerscha: Roztropność (dwie twarze, do 1900 na lewej ręce wił się wąż, w dłoni lusterko), Wstrzemięźliwość (palec na ustach, ręka na sercu), Nadzieja (z kotwicą), Męstwo (z kolumną na ramieniu), Sprawiedliwość, Miłość, Wiara (krzyż i serce). Ołtarz konserwowano w 1905 na 400-lecie śmierci Ładysława i odnowiono w 1980. relikwiarz wykonany przez braci Łopieńskich w 1906, zastąpiono innym, po kradzieży w 1960. Łukasiewicz wykonał nieco nieudolną kopię. Na szczycie portalu wejściowego stoi posąg Sławy wg proj. Tylmana z Gameren. Kaplica Matki Boskiej Loretańskiej z 1832-6 powstała dla przeniesionej w 1811 z rozbieranego kościoła bernardynów na Pradze figury MB. W 1836 wstawiono tu również posąg MB z klęczącymi aniołami z piaskowca Tadeusza Czajkowskiego. Figurę MB Loretańskiej umieszczono tu w 1837 w czasie poświęcenia kaplicy. W 1887 zamontowano organy i Antoni Strzałecki wykonał malowidła ścienne. W 1915 odnowili je K. Kowalewski i F. Konecki, w 1890 ołtarz złocił Grąbczewski. W 1904-6 Hugo Kuder zaproj. ozdobny portal wejściowy. Posąg MB z aniołami, uszkodzoną w 1915 usunięto w 1936. 25.09.1939 kaplica została zniszczona przez hitlerowców i odbudowana w 1957-61 przez Beatę Trylińską i Annę Baranowską. Nowy wystrój zaproj. Barbara Brukalska, a wykonali go Helena i Leon Grześkiewiczowie. Beata Trylińska zaprojektowała również nowy fronton portalu Kudery, ktory został zniszczony w czasie II wojny. Figura MB Loretańskiej została wykonana z czarnego drewna, ma wys. 105 cm. Wykonano ją we Włoszech i sprowadzono do Warszawy przed 1640. Metalowy strój MB ofiarowała Cecylia Renata w 1641. W 1811 zabrano ją z burzonego kościoła bernardynów na Pradze i przechowywano tu w skarbcu do 1822. W czasie okupacji hitlerowskiej figura stanęła w kapliczce ze spalonych desek mieszkania ks. Rektora Edwarda Detkensa. Zginęła wtedy szata i ręka Jezuska. W 1977 wykonano zbędne złocenia oraz pomalowano niebieską i czerwoną farbą. W 1980 odnaleziono szatę za ołtarzem św. Franciszka ale nie są na figurze. W 1973 wystawiono tu epitafium Beaty Trylińskiej, która pracowała przy odbudowie świątyni. Ołtarze boczne. Wszystkie drewniane, z rzeźbami, polichromiami i w części pozłacane. Ołtarz NMP powstał ok. 1700 z fundacji Katarzyny Oudin: w ołtarzu obraz MB z Dzieciątkiem Jezus (2-ga poł. XVIIIw., konsekrowany w 1920), obraz Niepokalanego Serca NMP z 1845 i owalnyWniebowstąpienie Chrystusa z 1702. Ołtarz św. Józefa ustawiono tu w 1705. Ma obraz św. Jana Nepomucena Sz. Czechowicza z 1731, owalny Scena chrztu z XVIII w. Ołtarz św. Franciszka z Asyżu powstał na pocz. XVIII w. Obrazem głównym jest Stygmatyzacja św. Franciszka z metalową szatą, a obok obraz Św. Franciszek otrzymuje indulgentia plenaria z ok. 1750, w szczycie obrazZakonnicy z monstrancją. Do 1944 w mensie był obraz Madonna z Dzieciątkiem z kolekcji Poniatowskiego. Ołtarz św. Antoniego Padewskiego z pocz. XVIII w. W 1731 pochowano tu Mariannę Szinowicz z córką i synem. Ołtarz św. Stanisława Biskupa z 1725; opiekował się nim cech kowali i ślusarzy. Obraz J. Najmana z 1789 Św. Stanisława, św. Kryspina, patrona kowali, w szczycie obraz św. Barbary. Ołtarz św. Jana Ewangelisty z pierwszej połowy XVIII w. W 1886 cech malarzy ufundował obraz swego patrona św. Łukasza (Leon Biedroński 1887), ponadto jest tu obraz św. Wojciech (Zdzisław Jasiński). Po zniszczeniach w 1944 odbudowany dzięki cechowi malarzy. Lawaterz w prezbiterium z marmuru dębnickiego z XVII w. ze snopkiem Wazów i orderem złotego runa. Epitafia z XIX w. Ambona z 1680 odnawiana kilkakrotnie w XVIII i XIX w., ostatnio w 1977. Drewniana, w kolorze brązowym ze złoceniami, na dole posągi czterech zakonników, na szczycie posąg bł. Ładysława. Organy zaczęto konstruować w 1701; wykonywali to o. Antoni z Głogowa z pomocą brata Klemensa z Sierpca. Po śmierci Antoniego brat Klemens pracował nad organami do 1707, choć same organy skończone były w 1706. w 1848-50 wykonano gruntowny remont organów. W zakrystii umieszczone są: szafa z 1733 z figurkami MB i św. Jana, szafa z 1737, boazeria z 1737, szafa na naczynia liturgiczne z 1739, konfesjonał z wizerunkiem św. Piotra z 1742, konfesjonał z wizerunkiem św. Jana Nepomucena z 1746, portal wejściowy do zakrystii z 1754, bogato dekorowana szafa liturgiczna. Intarsje na przedmiotach zostały wykonane przez warmińskich mistrzów: Erazm Wichert i Paschalis Fischer (jedyni, którzy umieli pisać). Dzwonnica. Powstała w 1578-84 z fundacji Anny Jagiellonki. W 1708 drewniana konstrukcja wewnętrzna spłonęła w czasie pożaru, a dzwon stopił się. Na jego miejsce powieszono dwa nowe: „św. Anna” i „bł. Ładysław z Gielniowa”, wykonane w 1713. W 1783 mury dzwonnicy podwyższono, a Ch. P. Aigner przebudował ją w stylu neorenesansowym w 1820, prace nadzorował Albert Lessel. W 1927 gruntownie odnowiono wieżę. Spaloną w lutym 1945 odbudowano w 1949 pod kierunkiem Beaty Trylińskiej, burząc przy okazji kamienicę czynszową i skarbiec bractwa św. Anny, przylegające do dzwonnicy. W 1979 urządzono pomieszczenia mieszkalne w wieży, przebijając dodatkowo okna. Ze szczytu obejrzeć można panoramę Starego Miasta. W 2001 odnowiono elewację dzwonnicy. Figura Matki Boskiej. Figura z 1643, wykonana zapewne przez Clemente Molli’ego. Wzorem dla figury była Madonna z Dzieciątkiem z pl. Katedralnego w Forli. Początkowo stała na dziedzińcu klasztoru bernardynów, ale w 1885 przeniesiono ją tu. W 1925 przeprowadzono konserwację figury przez ks. Kaima, J. Łukasika, Rz. F. Olszewskiego i M. Janickiego. Figurka stała tu do 1977, ale nie wiadomo co się z nią stało: została zastąpiona bezwartościową figurką w typie ludowym. Na miejscu dzisiejszej Trasy WZ powstał w 1609-17 kościół św. Klary dla Bernardynek. Była to jednonawowa świątynia nakryta wieżą z cebulastym hełmem. Posiadała gotyckie okna. Obok w 1643 zaczął powstawać kościół Karmelitów Bosych, jednak nie ukończono go do czasów potopu. W 1733 powstała tu kamienica sióstr z licznymi sklepami. W 1845-6 wyburzono budynki pod budowę wiaduktu Pancera. Została tylko kamienica nr 70, w której mieściły się sklepy. Kamienicę rozebrano zaraz po wojnie.